[BioPython] Bio.Phylo

0. Bio.Phylo 모듈은 계통을 그려주는 모듈이다. Bio.Phylo는 4개의 파일형식을 읽을 수 있다. Newick, Nexus, Phyloxml, Nexml  

 

1. 사용법 

from Bio import Phylo
tree = Phylo.read("../nwk/sample_tree1.nwk","newick")
tree.rooted = True
tree.root.color = (128,128,128)
print(tree)
tree.clade[0].color = "blue"
tree.clade[1].color = "red"
tree.clade[2,0].color = "green"
tree.clade[2,1].color = "green"
Phylo.draw(tree, branch_labels = lambda c : c.branch_length)

clade는 계통군이다. 

output

tree.clade [0] --> A, tree.clade [1] --> B , tree.clade [2,0] --> C, tree.clade [2,1] --> D 가 된다. 

Phylo.draw()에는 tree객체를 넣어주고, branch_labels 인자를 넣을 수 있다. branch_labels는 길이를 표시해 주는 인자다. 따라서, 이 인자를 설정하면 다음과 같은 output이 나오게 된다.