1. BWA2 ( reference seq에 mapping)curl -L https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2/releases/download/v2.0pre2/bwa-mem2-2.0pre2_x64-linux.tar.bz2 | tar jxf -cd bwa-mem2-2.0pre2_x64-linux./bwa-mem2위 코드를 차례대로 실행시키면 된다.  2. GATK4 (variant calling)wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.2.0.0/gatk-4.2.0.0.zipunzip gatk-4.2.0.0.zip위 코드를 실행시켜 설치를 진행한다. 이후, 설치가 제대로 되었는지 확인하기 위해서 아래 코..

0. KEGG는 생물학적 pathway와 기능적 유전자 모듈, 유전체와 유전자 정보, 화학물질과 효소 정보, 질병, 약물, 환경 정보가 담겨있는 데이터베이스라고 한다.  1. 사용법 from Bio.KEGG import Enzyme records = Enzyme.parse(open(file)) record = list(records)[0] print(record.classname) print(record.sysname) print(record.substrate)print(record.product) 2 . KEGG API 사용법 #12.4.KEGG_REST_example.pyfrom Bio.KEGG import RESThuman_pathways = REST.kegg_list("pathway", "hsa"..

0. Bio.Phylo 모듈은 계통을 그려주는 모듈이다. Bio.Phylo는 4개의 파일형식을 읽을 수 있다. Newick, Nexus, Phyloxml, Nexml   1. 사용법 from Bio import Phylotree = Phylo.read("../nwk/sample_tree1.nwk","newick")tree.rooted = Truetree.root.color = (128,128,128)print(tree)tree.clade[0].color = "blue"tree.clade[1].color = "red"tree.clade[2,0].color = "green"tree.clade[2,1].color = "green"Phylo.draw(tree, branch_labels = lambda c : c..

0. SwissProt이란 단백질 데이터베이스라고한다. 이번장에서는 SwissProt을 Biopython을 이용해 사용하는 방법을 다루고자한다.  1. 사용법 from Bio import SwissProt handle = open(file path) record = SwissProt.read(handle) print(type(record)) handle.close()output  2. Swiss-Prot.record 객체를 parsing하기 SwissProt.Record 객체를 생성하면, SwissProt 파일에대한 정보가 record에 담겨있다. 따라서, 필요한 정보를 가져오면된다. from Bio import SwissProt handle = open("../swissprot/P02649.txt") ..

0.Akkermansia muciniphila 에대하여 조사해봤다. 1. Akkermansia muciniphila 장내 미생물군에 관한 논문을 읽으면서 이 종에 대해 알게 되었습니다. 이 종은 P9이라는 단백질을 생성하는데, 이 단백질이 L-Cell의 ICAM-2 수용체에 결합하여 (일부 생체 내 연구(마우스)와 시험관 내 연구(인간 L-세포)에서는)GLP-1의 분비를 촉진한다고 합니다. from Bio import Entrezfrom Bio import SeqIO Entrez.email = "dhkscjsrudgh@gmail.com"query = "Akkermansia muciniphila"handle = Entrez.esearch(db = "nucleotide", term = query, retma..

0. Bio.Entrez는 NCBI에 있는 데이터를 검색하고 사용할 수 있도록 해준다. 기본적인 사용법은 다음과 같다.from Bio import Entrez Entrez.email = "your_email@~~.com" handle = Entrez.efetch(db = "nucleotide", id = "id" , rettype = "gb", retmode = "text or xml ..") record = Entrez.read(handle) 1. 사용해 보기id 가 NC_001367.1인 종이 무엇인지와 특성을 살펴보자. from Bio import Entrez Entrez.email = "my_@email.com" handle = Entrez.efetch(db = "nucleotide" , id =..