※ Transcriptomics and metabolomics reveal the adaption of Akkermansia muciniphila to high mucin by regulating energy homeostasis 논문에서 쓰인 transcriptomics data를 직접 다운로드하여 분석하는 프로젝트를 진행하려 한다.  0. Reference Genome, Transcriptomics data 찾기 이 paper에서 "RNA isolation and analysis" 페이지에 Ref genome과 Transcriptomics data의 accession number를 제공해주고 있다. 정보를 정리해 보자면 다음과 같다. Raw sequencing data (transcriptomics ..

1년 전부터 oracle vm을 써왔다. 하지만, 그래픽이 깨지는 현상, 너무 무겁다는 점, edit이 불편하다는 점 그리고 알 수 없는 오류가 지속적으로 발생한다는 점 때문에 지우고 설치하기를 반복했다. 이점 때문에 Docker를 배우기로 마음먹었다. Docker의 가장 강력한 점이라고 한다면 어디서든 코드가 돌아가도록 하는 것이라고 생각한다.  프로그램을 만들고 그것을 배포할 때 에러가 나는 경우가 많은데, docker는 이런 부분을 잡아준다.  0. 프로젝트 시작  : Ubuntu에서 python code를 실행시켜 보는 코드를 만들고 , 실행시켜 보자. 1. image 만들기 image라는 것은 밀키트와 같다. 내가 프로그램을 실행시키기 위해서 필요한 모든 것들을 담아낸 것이 image다. 따라서..

Docker를 실행하고 로그인을 할 때 오류가 발생했다. 이때는 기존의 계정이 존재해서, 오류가 발생했는지 몰랐다. 이때는 자신이 사용하는 브라우저를 바꿔서, docker hub로 들어가 로그인을 다시 해보면 된다. 제대로 login 되었는지 확인하기 위해 아래와 같은 코드를 쳐보자. docker logoutdocker login

1. BWA2 ( reference seq에 mapping)curl -L https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2/releases/download/v2.0pre2/bwa-mem2-2.0pre2_x64-linux.tar.bz2 | tar jxf -cd bwa-mem2-2.0pre2_x64-linux./bwa-mem2위 코드를 차례대로 실행시키면 된다.  2. GATK4 (variant calling)wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.2.0.0/gatk-4.2.0.0.zipunzip gatk-4.2.0.0.zip위 코드를 실행시켜 설치를 진행한다. 이후, 설치가 제대로 되었는지 확인하기 위해서 아래 코..

1. Lactiplantibacillus plantarum에서 발현되는 ferritin  데이터 생성. ncbi protein 사이트에 접속해서 "Ferritin Lactiplantibacillus plantarum" 입력했다. 총 43개의 searching result가 나왔고, 이 파일들을 다 모아서 ferritinL.plantarum.raw.fasta 파일을 만들었다. >ALO75854.1 ferritin (plasmid) [Lactiplantibacillus plantarum]MKYTKTKAVLNQLVADLSQMSMIIHQTHWYMRGPNFLKLHPLMDEFMEEIDSQLDVISERLIALDGSPYSTLKEMAENTKIQDWPGEWDKTTPERLAHLVDGYRYLEDLYQHGIEVSDVEKDFST..

1. 사이트 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XBR17120.1?report=fasta envelope protein [Severe acute respiratory syndrome-related coronaviru - Protein - NCBIno features Feature First Previous Next Last Detailswww.ncbi.nlm.nih.gov2. linux 환경으로 파일을 전송하기 wget "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=XBR17120.1&rettype=fasta&retmode=text" -O coronaEnv.raw.fasta efectc..