전체 글(334)
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[BioPython] Bio.SwissProt
0. SwissProt이란 단백질 데이터베이스라고한다. 이번장에서는 SwissProt을 Biopython을 이용해 사용하는 방법을 다루고자한다. 1. 사용법 from Bio import SwissProt handle = open(file path) record = SwissProt.read(handle) print(type(record)) handle.close()output 2. Swiss-Prot.record 객체를 parsing하기 SwissProt.Record 객체를 생성하면, SwissProt 파일에대한 정보가 record에 담겨있다. 따라서, 필요한 정보를 가져오면된다. from Bio import SwissProt handle = open("../swissprot/P02649.txt") ..
2024.09.21 -
[BOJ] 14002번 : 가장 긴 증가하는 부분 수열 4
1. problem : https://www.acmicpc.net/problem/14002 2. solution 1: #include using namespace std;const int nums = 1005;int A; int a[nums]; int d[nums]; int pre[nums]; int main(void) { ios::sync_with_stdio(0); cin.tie(0); cin >> A; for (int i = 1; i > a[i]; for (int i = 1; i = a[i]) continue; if (d[i] dq; dq.push_front(mx_idx); cout dp를 이용해 풀었다. 따라서, 세 가지 스텝으로 문제를 풀어나갔다. 첫 번째, 테이블을 정의한다. d..
2024.09.21 -
[Vim] Clipboard에 복사하기
0. vim --version을 통해 , clipboard가 +인지 -인지 확인하자. 1. -라면 sudo apt install vim-gtk3설치하자. 2.ggVG"+ygg : 파일의 처음으로 이동V : 라인 비주얼 모드로 전환G : 파일의 끝까지 선택"+y : 선택한 텍스트를 시스템 클립보드에 복사을 통해 복사하면 된다.
2024.09.20 -
[M/O] Akkermansia muciniphila
0.Akkermansia muciniphila 에대하여 조사해봤다. 1. Akkermansia muciniphila 장내 미생물군에 관한 논문을 읽으면서 이 종에 대해 알게 되었습니다. 이 종은 P9이라는 단백질을 생성하는데, 이 단백질이 L-Cell의 ICAM-2 수용체에 결합하여 (일부 생체 내 연구(마우스)와 시험관 내 연구(인간 L-세포)에서는)GLP-1의 분비를 촉진한다고 합니다. from Bio import Entrezfrom Bio import SeqIO Entrez.email = "dhkscjsrudgh@gmail.com"query = "Akkermansia muciniphila"handle = Entrez.esearch(db = "nucleotide", term = query, retma..
2024.09.20 -
[BOJ] 2240번 : 자두나무
1. problem : https://www.acmicpc.net/problem/2240 2. solution 1 :#include using namespace std;int t, w; int d[1005][32][3]; int cherry[1005];int main(void) { ios::sync_with_stdio(0); cin.tie(0); cin >> t >> w; for (int i = 1; i > cherry[i]; for (int i = 1; i source code 출처 : https://github.com/encrypted-def/basic-algo-lecture/blob/master/workbook/0x10.md basic-algo-lecture/workbook/0x10.md at..
2024.09.20 -
[BioPython] Entrez
0. Bio.Entrez는 NCBI에 있는 데이터를 검색하고 사용할 수 있도록 해준다. 기본적인 사용법은 다음과 같다.from Bio import Entrez Entrez.email = "your_email@~~.com" handle = Entrez.efetch(db = "nucleotide", id = "id" , rettype = "gb", retmode = "text or xml ..") record = Entrez.read(handle) 1. 사용해 보기id 가 NC_001367.1인 종이 무엇인지와 특성을 살펴보자. from Bio import Entrez Entrez.email = "my_@email.com" handle = Entrez.efetch(db = "nucleotide" , id =..
2024.09.19